1、办理规模不同：水务局的办理规模大于水利局，由于水务局除了具有水利局的办理功能外，还办理城市排水工程建造。同一区域设立了水务局，便不再设水利局。
2、所属部分不同：水利局是自来水公司（供水公司）的上级部分，便是自来水的领导部分。水务局是行政事业部分，自来水是事业单位，靠自收自支。
3、办理功能不同：上级主管部分顺次都是省水利厅、水利部，部分城市在水务体制改革后把水利局改为水务局，针对城市办理特色强化了城市供水、排水等市政办理功能，而相对农田水利建造方面就没那么杰出，故更名水务局。可以理解为水务局在原水利局的基础上强化了涉水市政办理功能。